近日，我所与北京林业大学生态与自然保护学院在柿属植物系统发育基因组学方面联合开展的研究取得进展，研究成果以“Phylogenomics reveal extensive phylogenetic discordances inDiospyros(Ebenaceae) of China”为题在进化生物学领域国际权威期刊Molecular Phylogenetics and Evolution发表。

　　柿属(Diospyros L.)是柿树科(Ebenaceae)中物种最丰富的木本植物属，广泛分布于全球热带至温带地区。其成员不仅包括提供美味果实的柿树(D.kaki)，还涵盖用于生产名贵木材的乌木树种，具有重要的生态价值和经济意义。然而，该属极高的物种多样性和形态相似性(图1)，长期以来给分类学和系统发育研究带来了巨大挑战。此前的研究曾提示柿属可能存在快速的适应性辐射，但主要谱系间的演化关系一直未能得到很好解决。

　　图1.中国柿属植物果实形态多样性

　　研究团队利用全基因组测序技术对中国分布的65个柿属植物进行了系统的系统发育基因组学分析。研究过程中，团队从核基因组中筛选出高置信度的单核苷酸多态性位点，同时组装了完整的叶绿体基因组，并基于这两套基因组数据构建了系统发育树。最终，成功构建了包含六个高支持率主要分支的物种级系统发育框架(图2)。

　　图2.基于核基因系统发育分析及PhyParts整合分析的柿属内部系统发育冲突

　　然而，进一步研究分析发现，基于核基因组与基于叶绿体基因组构建的系统发育树之间存在显著的不一致，即细胞核-叶质体冲突(图3)。为探究其根源，团队运用了多种基因树一致性分析方法，并对基因渐渗和不完全谱系分选进行了量化评估。结果表明，在柿属植物的演化历程中，尤其是在深层进化节点上，存在广泛且统计显著的基因树冲突。

　　图3.核基因物种树与质体基因组树之间的不一致性

　　该研究认为，深层不完全谱系分选——即在物种快速分化过程中祖先遗传多态性的随机保留——对中国柿属植物的进化历史产生了深刻影响，这可能是早期快速辐射在基因组层面留下的痕迹。同时，局部的古代杂交事件也发挥了重要作用，尤其是在形态多样的亚洲类群F分支内部表现突出(图4)。相比之下，近期的基因流动贡献相对有限(图5)。该研究指出，不完全谱系分选与基因渐渗的相对贡献目前仍难以完全区分。

　　图4.系统发育冲突与不完全谱系分选检测

　　图5.网状进化信号检测

　　该研究从基因组层面澄清了柿属主干谱系的演化脉络，指出早期快速辐射造成的基因多态性残留是后续系统发育重建中“噪声”的主要来源。此外，可靠的物种关系树也为柿属的种质资源保护、育种亲本选配，乃至乌木用材树种的溯源提供了基础的遗传依据。

　　论文链接：https://doi.org/10.1016/j.ympev.2026.108700